Le logo de l’Union nationale est composé d’une croix huguenote stylisée qui se détache sur un hexagone de couleur jaune.

La croix huguenote marque la référence au protestantisme réformé dont elle est l’emblème historique. Expurgée et traduite dans une forme moderne, elle renvoie à notre désir d’adapter l'expression de notre foi au monde contemporain. Les 4 axes de la croix représente de façon stylisée des cœurs qui rappellent l’amour parfait de Dieu pour ses enfants et dans lequel le Christ appelle ses disciples à demeurer (Jean 15. 9). Ils évoquent aussi les 4 évangiles et renvoient à l’œuvre du Christ, centre de notre foi et lieu de notre justification (Galates 6. 14). La colombe est le symbole du Saint-Esprit « qui témoigne à notre esprit que nous sommes enfants de Dieu » (Romains 8. 16). Elle pend de la croix pour exprimer le fait que l’Esprit est un don qui s’accompagne de la repentance et de la sanctification (Actes 2. 38). Ainsi, les trois personnes de la Trinité sont signifiées : le Père (les coeurs), le Fils (la croix) et l’Esprit Saint (la colombe).

L’hexagone fait référence à la forme de la France. Il signifie notre appartenance au protestantisme français. Le décentrage de cette forme fait référence aux liens de communion établis entre notre Union et les Eglises réformées confessantes sœurs en Europe et dans le monde ainsi que, dans un second temps, ceux tissés avec l’ensemble des Eglises chrétiennes (cf. le projet de l’UNEPREF). Sa couleur jaune, celle de la lumière, est une référence à la mission de l’Eglise qui est appelée par le Christ à être lumière du monde partout où elle se situe (Matthieu 5. 14).